Дія роману відбувається у Центральній Європі XVI століття, здебільшого у Фландрії, розділеній релігійним конфліктом і потрясеній війнами. Головний герой — Зенон Лігр, алхімік, лікар і натураліст. Оригінальна назва роману — «Чорна стадія» (або «Стадія чорнення») — позначає перший і найскладніший етап алхімічного процесу — Велику роботу. Суть Чорної стадії полягає у «розділенні й розкладанні речовини» до стану аморфної «чорної маси» первоелементів, у якій, мов у початковому хаосі, приховані всі потенціали. За словами автора, Чорна стадія також символічно означає спробу духу вирватися з полону звичних уявлень, рутини та забобонів. Зенон проходить свою «чорну стадію» на тлі жахів Європи епохи релігійних воєн. Більшість персонажів роману гине мученицькою смертю, часто описуються жорстокості та прийняті тоді способи страти. У романі яскраво і гостро показана діяльність Яна Лейденського та його послідовників, трагедія Мюнстера, який став жертвою безумства фанатиків, і кровавий фінал анабаптистської секти.