В данном инновационном учебном пособии в рамках разработки УМК по курсу «Феногенетический анализ популяций» магистерской программы «Экология природопользования» рассмотрены теоретические представления в области изучения феногенетической изменчивости популяций и эпигенетических основ современной фенетики. Кратко изложены история и методы популяционно-феногенетических и фенетических исследований. Вводятся представления о популяционном онтогенезе и популяционной эпигенетике. Обоснованы концепции эпигенетического ландшафта популяции и порождаемой им эпигенетической изменчивости. Рассмотрены материалы по изменчивости фенов неметрических пороговых признаков и индивидуальных фенетических композиций у разных групп беспозвоночных и позвоночных животных, а также ряда модельных видов растений. Показаны примеры использования методов популяционной феногенетики при изучении проблем внутривидовой дифференциации, популяционной экологии и решении практических задач биомониторинга экосистем.